漫天的大火就要将这一座貌不惊人的高楼吞噬。这是隐匿了多年的组织的总部。这冲天的火光，似要照彻那黑暗的长夜，撕裂那沉重的过往。楼下，已是布满了日本警方及FBI的车辆。
目暮警官手持对讲机：“所有警员已安全撤离？好，我知道了。”赤井秀一走过来，道：“参加此次行动的FBI也全部撤出这幢楼了。”目暮警官松了口气：“看来，终于结束了啊。”
忽然，一个小小的身影奔来，喊出的是令所有人心惊的话语：“不好了，灰原哀不见了！”
“柯南，你说什么？！那个女孩不是和你在一起的吗？”目暮吃惊地吼道。
“刚才还是在一起的。”柯南恨恨地一拳砸在地上。糟了，都是自己不好，一个疏忽灰原就不见了。“难道……她，竟又回到了楼里？”
“什么？”目暮警官瞪大了眼睛。一个警员过来汇报：“目暮警官，消防车还有三分钟才会来。”这座被熊熊大火燃烧着楼房，都不知道还能撑多久！之前大家并没有想到，组织竟会用这种方式作为灭亡前最后的决断。毕竟是纵横世界数十载的庞大组织啊，即使到了覆灭的时候，也不留下丝毫的痕迹给警方。
一时之间，所有人的目光聚集到大楼上。那个神秘的小女孩给这次行动带来大量的情报，甚至和柯南一起亲身涉险，可在组织的一切即将付之一炬的时刻，为什么又回到楼中？
柯南抱着试试看的心情拨了灰原的手机号。居然，通了？“灰原，你在哪里，你疯了吗！快点下来！”电话中传来一个冷冷的声音：“不必担心，我没事。”“喂，喂！”重拨，却再无人接听。